|
 |
|
Kako izračunati ukupni naboj dipeptida pri određenoj pH vrijednosti(npr.pH=0) ako su navedene pKa vrijednosti ionizirajućih skupina?
|
|
Ime i prezime:
Sara
sara.stalmann@gmail.com
|
 |
 |
Grubu, odnosno cjelobrojnu procjenu prosječnog naboja polipeptida možeš dobiti tako da za svaku kiselinsku ili baznu funkcionalnu skupinu odrediš da je posve protonirana ako je pH niži od njezinog pKa, a posve deprotonirana ako je pH viši od njezinog pKa. Nakon toga preostaje samo pozbrajati naboje. Protonirane kisele tj. karboksilne skupine, kao i deprotonirane bazne tj. aminske grupe neutralne su i ne pridonose ukupnom naboju. Svaka protonirana aminska grupa ima pak naboj +1, a svaka deprotonirana karboksilna ‒1. Ako je pH kojim slučajem jednak pKa neke skupine, ona će biti točno napola (de)protonirana (tj. pola će ih biti (de)protonirano), tako da možeš uzeti polovicu naboja te skupine. Preciznije se prosječni naboj može računati i tako da odrediš stupanj disocijacije za svaku skupinu, ali ne znam koliko je to potrebno.
Ako ti dipeptid ima svega dvije ionizabilne skupine, naboj možeš odrediti i napamet, a inače si možeš sklopiti tablicu (ovdje ima jedan primjer, s tim da moram napomenuti da su autori koristili font Comic Sans). Ako nisi sigurna u svoju procjenu, možeš na ovoj stranici upisati peptidnu sekvencu pa ćeš dobiti procjenu kako se ukupni naboj mijenja s vrijednošću pH, kao i još par potencijalno korisnih brojki.
Pozdrav, |
|
|
Odgovorio:
Ivica Cvrtila
i.cvrtila@rug.nl
<-- Povratak
|
|
|
Postavite
pitanje iz bilo kojeg područja kemije i
e-škola će osigurati da dobijete odgovor od kompetentnog znanstvenika. |
  |
|
